El Fondo de Arqueología está constituido por los restos materiales pertenecientes a la población prehistórica e histórica de Gran Canaria; en él se incluyen también ejemplares procedentes de otras islas del archipiélago canario.

El origen de este fondo se vincula a la fundación de El Museo Canario, en 1879, y continúa creciendo en la actualidad mediante los depósitos efectuados por particulares y por los órganos institucionales responsables de los permisos de excavaciones (Gobierno de Canarias y Cabildo de Gran Canaria).

Está compuesto por una innumerable cantidad de materiales, bien objetos completos o fragmentos, que hacen de este fondo el más extenso y completo de todo el archipiélago canario. Es por ello que se constituya en una referencia obligada para el estudio de la sociedad prehispánica Gran Canaria y en uno de los pilares básicos de esta institución.

Destacan en él las colecciones de recipientes cerámicos, ídolos, pintaderas,  manufacturas en fibras vegetales y en piel animal, industria lítica, ósea y de la madera, así como los restos antropológicos.